A partir da década de 1990, Giovanni Berlinguer voltou seus interesses teóricos para o campo da bioética, sempre de um ponto humanista e revolucionária. São marcos desse período os livros Questões de Vida — Ética, Ciência e Saúde, Ética da Saúde, O Mercado Humano e Bioética Cotidiana.
Mas Giovanni Berlinguer foi ainda mais. Foi deputado pelo PCI por três legislaturas, de 1972 a 1983. No último período, relatou e foi um dos principais responsáveis pela aprovação da Lei do Aborto no parlamento italiano. Na sequência, elegeu-se senador, permanecendo no cargo até 1992. Nesse período, nunca se afastou da Universidade de Roma, de onde só saiu quando da aposentadoria compulsória, aos 75 anos, em 1999, para tornar-se professor emérito. Recebeu os títulos de Professor Honorário da Universidad Autonoma de Santo Domingo, Doutor Honoris Causa da Universidade de Montreal e da Universidade de Brasília. Em 2004, aos 80 anos, elegeu-se deputado italiano junto ao Parlamento Europeu e cumpriu o mandato até 2007. Da tribuna de Estrasburgo manteve-se fiel aos seus princípios, ao integrar o bloco socialista e defender políticas sanitárias justas como instrumento de inclusão social e igualdade.